공단은 최근 2004년도 정기이사회를 개최하고 2003년 회계연도 중 수입은 17조5,764억원, 지출은 16조974억원인 결산서를 상정·의결했다．
공단은 결산서에서 지난해 회계기간의 당기잉여금은 1조4,790억원으로 전년도 당기결손금 5,085억원보다 1조9,875억원의 경영수지가 개선되었으며, 이는 보험급여비의 안정적인 증가추세와 공단의 주된 수입원인 보험료 수입 및 정부지원금의 증가 때문인 것으로 분석했다．
또한 노령화·만성질환·생활수준 향상 등에 기인하는 수진율 증가, 급여기간 연장, 의료기술 고급화 등으로 96년 이래 보험급여비가 보험료 수입을 초과하는 만성적인 적자구조에서 2002년 재정안정대책 본격 시행에 따라 지출을 상회하는 수입구조로 수지구조가 점진적으로 개선됐기 때문이라고 설명했다．
공단은 보험급여비는 전년도에 비해 1조698억원(7．7%) 증가한 14조8,935억원으로 이는 수가인상율 2．97%, 경기침체로 인한 의료기관의 이용 감소 및 지속적인 재정안정대책시행 등이 반영된 것으로, 공단은 총지출의 92．5%를 보험급여비로 지출했다고 밝혔다．
또한 보험급여비의 내용을 분석한 결과 치료 등 사후관리를 위한 급여비는 총 보험급여비의 98．9%를 차지했으며, 질병조기진단 등 사전예방을 위한 건강진단비는 1．1%했다고 밝혔다．
특히 보험재정관련 사업수입이 전년도에 비해 2조8,131억원이 증가했는데, 이는 지역보험료 5,166억원 증가(12．7%) 및 직장보험료 2조2,965억원 증가(33．4%)로 보험료 인상 8．5%, 부과자료연계, 임금인상, 직장보험료 정산 및 한시적 경감해제 등이 반영된 것이라고 설명했다．
한편, 공단은 현재의 자산 총액은 3조2,627억원, 부채는 2조342억원, 임여금은 1조2,285억원이다．
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